Фамилия Маркисова — женская форма фамилии Маркисов, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Маркис. Сразу стоит сказать, что это не распространённая «географическая» фамилия на -ский/-цкий и не типичная «отчества» на -ов/-ев от церковных имён. Здесь работает редкая модель: суффикс -ис-.

Разберём основу. Имя Маркис — это, скорее всего, народная, разговорная форма крестильного имени Марк. В русской традиции имена часто переделывали на свой лад: Марк превращался в Марко, Маркуша, а мог и в Маркис. Суффикс -ис- в данном случае не греческий (как в фамилиях типа Афонис или Денисов), а, вероятно, результат адаптации имени через украинское или южнорусское влияние, где мягкое окончание -ий переходило в -ис. То есть Маркис — это Маркий, Маркей, произнесённое на местный манер.

Версия о происхождении от греческого имени Маркиан (Μαρκιανός) менее вероятна, хотя и возможна. Маркиан в просторечии мог сократиться до Маркис, но тогда фамилия звучала бы как Маркианов или Маркианинов, а не Маркисов. Прямая связь с латинским «marquis» (маркиз) — красивая, но ложная: титулы в русские фамилии крестьян и мещан проникали редко и обычно через прозвища (например, Князев), но не в форме на -ис.

Географически фамилия Маркисов и Маркисова тяготеет к южным областям России и Украины. В дореволюционных переписях она встречается в Харьковской, Курской, Воронежской губерниях. Это говорит о том, что носители были, скорее всего, государственными крестьянами или однодворцами — людьми, которые несли службу на окраинах государства и имели право владеть землёй, но не были крепостными.

Таким образом, предок современной Маркисовой — мужчина по имени Маркис, которого в церковных книгах, вероятно, записывали как Марка или Маркиана. Прозвище закрепилось за его детьми, и со временем отчество Маркисов сын превратилось в наследственную фамилию.