Фамилия Маркисов — довольно редкий случай, когда церковное имя превратилось в фамилию не напрямую, а через отчество, образованное от женской формы. В основе лежит имя Маркиса — женский вариант крестильного имени Марк (от латинского Marcus, предположительно «молоток»). Такие «матриархальные» фамилии (от имени матери) возникали, если женщина рано овдовела, вела хозяйство одна или была уважаема в округе. В русской традиции фамилии на -ин чаще образовывались от женских имён, но Маркисов использует суффикс -ов, что указывает на более позднее, книжное или официальное оформление, либо на влияние северных говоров, где -ов и -ин смешивались.

Словообразовательная модель проста: к основе Маркис- (от разговорной формы имени Маркиса) добавили патронимический суффикс -ов. Получается «чей? — Маркисов», то есть сын или потомок Маркисы. Встречается также вариант Маркисов — ударение может падать на первый или второй слог, что не меняет происхождения. Фамилия встречается преимущественно в центральных областях России и в Поволжье, но не массово.

Стоит отличать Маркисова от фамилий, образованных от греческого слова «маркиз» (дворянский титул) — в русской среде такие фамилии почти не встречались, так как титул был чужд крестьянскому быту. Если бы предок был прозван Маркизом за манеры или одежду, фамилия звучала бы как Маркизов. Форма Маркисов однозначно выводится из женского имени.

В ономастических справочниках фамилия не получила широкого описания, но её механизм образования типичен для русских фамилий второй половины XVII–XIX веков, когда отчества от женских имён фиксировались в метриках и ревизских сказках. Таким образом, предки носителя фамилии Маркисов — скорее всего, крестьяне или мещане, в чьей семье Маркиса была заметной фигурой, чьё имя закрепилось за потомками.