Фамилия Маркистов — довольно редкий случай в русской ономастике. Она явно происходит от слова «маркист», но здесь важно не путать с политическим течением. В основе фамилии лежит не марксизм, а имя или прозвище Марк. Суффикс -ист в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на принадлежность к какой-либо группе или роду занятий по модели «сын Марка» или «человек, связанный с Марком». Второй вариант — прозвище Маркист могли дать человеку, который часто упоминал или почитал святого Марка, либо носил имя в его честь.

Словообразовательная цепочка здесь нестандартная. Обычно от имени Марк образуют фамилии Марков, Маркин, Маркелов. Форма с суффиксом -ист и окончанием -ов («Маркистов») встречается реже и могла сложиться в среде, где фамилии присваивали по профессиональному или социальному признаку. Например, в духовном сословии нередко давали фамилии по именам святых с добавлением книжных суффиксов. Маркист могло означать «последователь Марка» в религиозном смысле, то есть прихожанин церкви во имя апостола Марка или человек, особенно чтивший этого святого.

Географически фамилия Маркистов не привязана к одной области, но по частоте встречаемости выделяется в южнорусских регионах и на Урале. Это может говорить о том, что она возникла в среде казачества или среди крестьян, которым фамилии давали по прозвищам, а не по отчеству. Прозвище Маркист могло закрепиться за человеком с независимым или упрямым характером — в народе так могли назвать того, кто «держался своей линии», как маркист держится своих взглядов, хотя это уже более поздняя народная этимология.

В словарях русских фамилий Маркистов не упоминается как распространённая форма, но её можно встретить в метрических книгах XIX века. Важно не путать её с фамилией Марксистов — та появляется уже в советское время как искусственная, идеологическая. Маркистов же — фамилия более ранняя, органичная, и её корни уходят в бытовую ономастику, а не в политику.