Фамилия Маркитонова образована от мужского имени Маркитон. Это имя — народная, разговорная форма крестильного имени Марк, которое восходит к латинскому Marcus. В русской традиции имя Марк и его производные (Маркуша, Маркитон, Маркиан) давали в честь святого евангелиста Марка или одного из раннехристианских святых. Модель образования фамилии типична для русского Севера и некоторых центральных областей: суффикс -ов- указывает на принадлежность («сын Маркитона»), а окончание -а — на женский вариант фамилии.

Интересна география фамилии. Маркитоновы — редкая фамилия, её очаги встречаются в Вологодской и Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это указывает на то, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из поморских или севернорусских крестьянских общин, где старые календарные имена бытовали в просторечной форме дольше, чем в центральных губерниях. В некоторых переписях XVII–XVIII веков форма Маркитон фиксируется как самостоятельное имя, а не только уменьшительное от Марка.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна суффиксом -он-. В русской антропонимии суффикс -он- в именах (Маркитон, Никитон, Федосеон) часто указывал на ласкательное или обиходное звучание, но в случае с Маркитоном он мог возникнуть под влиянием греческих форм имени Марк (Markion). Таким образом, фамилия Маркитонова — «сын того, кого звали Маркитоном», то есть потомок человека, которого в быту называли не просто Марком, а более мягко и разговорно.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Маркитонов стоит особняком от массовых Марков, Марковых и Маркиных. Он не получил широкого дворянского или купеческого распространения, оставаясь в основном крестьянским прозванием. Встречаются редкие варианты написания через «а» — Маркитанов, но это может быть следствием диалектного аканья или ошибок переписчиков.