Фамилия Маркитонов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Маркитон восходит к нарицательному «маркитант» (нем. Marketender, от итал. mercatante — торговец) . В XVIII-XIX веках так обычно называли мелких торговцев продовольственными товарами и предметами солдатского обихода. Маркитанты сопровождали войска в походах, на учениях, манёврах и т.п. С XVIII века (в русской армии с 1716) права маркитантов стали регламентировать специальными инструкциями и уставами. Профессия маркитанта существовала до начала XX века. Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Маркитон относилось к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Исчезновение конечного «т» и изменение корневого гласного «а» на «о», вероятнее всего, является результатом влияния народной речи. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Маркитон, со временем получил фамилию Маркитонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Маркитонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Маркитонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.