Фамилия Маркитонов — один из примеров, как народная речь перекроила чужое слово до неузнаваемости. В основе лежит прозвище Маркитон, а оно, в свою очередь, восходит к слову «маркитант». Так в XVIII–XIX веках называли мелких торговцев, которые следовали за армией в походах, на учениях и манёврах. Они продавали солдатам продовольствие, табак, предметы обихода — всё то, чего не хватало в казённом довольствии. Слово пришло в русский язык через немецкое Marketender, а корни у него итальянские: mercatante означает «торговец».

В русской армии с 1716 года права маркитантов начали регламентировать специальными уставами, и профессия просуществовала до начала XX века. Прозвище Маркитон, таким образом, относилось к «профессиональным» именованиям — оно прямо указывало на род занятий человека. Но в фамилии мы видим не «маркитантов», а именно Маркитонов. Исчезновение конечного «т» и замена корневого «а» на «о» — типичная работа народной этимологии: неудобное для произношения слово упростили, подогнали под привычные звуковые модели. Так же, например, «маркитант» в бытовой речи мог превращаться в «маркитона» или «маркитонщика».

Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Маркитонов, то есть сын, потомок Маркитона. Фамилия довольно редкая, и её география, скорее всего, связана с южными и западными регионами России, где дислоцировались крупные военные гарнизоны и где маркитанты водились чаще. В отличие от распространённых Кузнецовых или Поповых, Маркитоновы хранят память не о деревенском ремесле, а о походной, почти цыганской профессии — человеке, который шёл за армией с тележкой товара.