Фамилия Маркидонов — один из тех редких случаев, когда за основой стоит не личное имя, а конкретная профессия, причём профессия исторически точная и хорошо документированная. Вместе с родственными формами Маркиданов и Маркитанов она восходит к прозвищу Маркидан (или Маркитан), а то, в свою очередь, — к слову «маркитант».

Маркитантами в XVIII–XIX веках называли мелких торговцев, которые сопровождали армию в походах, на учениях и манёврах. Они везли за войсками съестные припасы, табак, мелкую утварь и предметы солдатского обихода. В русской армии статус маркитантов официально регламентировали с 1716 года специальными уставами и инструкциями — эта профессия была не случайным промыслом, а признанным занятием, просуществовавшим до начала XX века.

Прозвище Маркидан, таким образом, относится к «профессиональным» именованиям: оно прямо указывало на род деятельности человека. В быту слово могли сократить или переделать на народный лад — так из «маркитанта» получился сначала Маркитан, а затем и Маркидан. Фамилия Маркидонов образована по стандартной модели: к основе Маркидан добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Маркидана», то есть потомок того самого торговца.

Стоит заметить, что фамилия эта довольно редкая и не имеет отношения к греческому имени Маркидон или Маркиан — несмотря на внешнее сходство, корень здесь чисто бытовой и армейский. Если ваши предки носили фамилию Маркидонов, скорее всего, они происходили из среды людей, которые кормились при войске: не солдат, не офицер, а тот, кто шёл следом с товаром.