Фамилия Маркидонова образована от прозвища Маркидан (или Маркитан), которое, в свою очередь, восходит к слову «маркитант». Так в XVIII–XIX веках называли мелких торговцев, которые сопровождали армию в походах, на учениях и манёврах. Они продавали солдатам продовольствие, табак и предметы обихода — по сути, были передвижными лавочниками при войсках. В русской армии с 1716 года права маркитантов стали регламентировать специальными уставами, и эта профессия просуществовала вплоть до начала XX века.

Слово «маркитант» пришло в русский язык из французского (marguillier — церковный староста, или итал. mercatante — торговец), но в быту его быстро переделали на русский лад: утратили конечное «т», и получилось «Маркидан». А дальше сработала типичная для русских фамилий модель: прозвище Маркидан → отчество Маркидонов → фамилия Маркидонов (и её женская форма Маркидонова). То, что мы видим в написании букву «о» во втором слоге (Маркидонов, а не Маркиданов), — следствие народной этимологии: фамилию подравняли под более привычное окончание -онов, как у Семёнов, Леонов.

Родственные фамилии — Маркиданов и Маркитанов — встречаются реже и сохраняют исходное звучание прозвища. Все они относятся к «профессиональным» именованиям: прозвище давали по роду занятий предка. Так что носитель фамилии Маркидонова может с большой вероятностью считать, что его предок был не просто торговцем, а именно военным маркитантом — человеком, который кормил и снабжал армию в походах.