Фамилия Маркидова — редкий случай, когда женская форма прочно закрепилась в качестве исходной. Обычно такие фамилии на -ов/-ев образуются от мужского имени или прозвища, но здесь основа — женское имя Маркида. Это греческое имя, вариант канонического Маркелла (от лат. Marcellus — «посвященный Марсу»), но в народной русской традиции оно обросло собственной историей. Маркида — просторечная форма, которая встречалась в крестьянской среде, особенно на юге России и в казачьих областях. Фамилия, таким образом, отчественная: Маркидова — «дочь или жена Маркиды». Мужской вариант, Маркидов, существовал бы, если бы основателем рода был мужчина по имени Маркид, но такое имя встречается крайне редко.

Суффикс -ов указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий XVI–XIX веков. Если разбирать словообразовательную цепочку, то сначала от имени Маркида возникло притяжательное прилагательное «Маркидова» (например, «Маркидова дочь» или «Маркидова жена»), которое затем застыло в фамилии. В документах XVIII–XIX веков такие формы нередко фиксировали за вдовами или одинокими женщинами, у которых не было мужского потомства, — фамилия передавалась по женской линии и закреплялась.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где имя Маркида было в ходу: это Воронежская, Курская, Ростовская области, а также Ставрополье. В переписях XIX века Маркидовы (в мужском роде) встречаются среди государственных крестьян, реже — среди однодворцев. Интересно, что в некоторых говорах имя Маркида путали с Маркианом, что породило параллельные фамилии Маркианов и Маркидов — они звучат по-разному, но восходят к одному корню.

Споров о происхождении почти нет: версия с греческим Маркелла — основная. Альтернативное объяснение (от слова «маркиз») маловероятно, так как титульная фамилия в русской среде давалась бы через -ск- (Маркизский) и не имела бы женской основы. Так что носительница фамилии Маркидова может быть уверена: её предки — не аристократы, а простые люди, у которых в роду была женщина по имени Маркида, чьё имя и стало родовым знаком.