Фамилия Маркидин — редкий случай, когда суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Она образована по севернорусской модели: не через стандартное -ов/-ев, а через -ин, что типично для территорий бывших Новгородских земель, Архангельской и Вологодской губерний. Основа — Маркид, народная форма крестильного имени Маркиан (от латинского Marcianus — «посвящённый Марсу» или «сын Марка»). В русском быту имя давало целое гнездо фамилий: Марков, Маркин, Маркидонов. Маркидин стоит особняком — оно указывает не на самого Маркида, а на его потомка: «чей?» — Маркидин, то есть сын или внук человека по прозвищу Маркид.

Сам Маркид — не каноническое, а разговорное сокращение, возникшее в среде, где полное Маркиан звучало слишком книжно. Такие усечения (вроде Афоня от Афанасий, Тереха от Терентий) давали фамилии, которые сегодня кажутся неожиданными. В случае с Маркидиным интересно, что имя Маркиан в святцах встречалось, но редко, поэтому фамилия осталась локальной, не размножившись по всей России. Носители Маркидины — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей одного из северных уездов, где имя Маркид передавалось в роду несколько поколений, пока не закрепилось в фамилии.

С точки зрения словообразования, здесь работает чистая патронимическая модель: суффикс -ин присоединяется к основе на твёрдый согласный, что грамматически безупречно. Никакой путаницы с украинским или белорусским вариантом нет — это стопроцентно русский северный тип. Если сравнивать с однокоренными, то Маркидин звучит архаичнее, чем Марков или Маркин: он сохранил промежуточную форму, которая в центральных говорах давно вытеснена более простыми вариантами. По сути, фамилия — живой след того, как в XVI–XVII веках на Севере люди цеплялись за полное имя предка, не сокращая его до предела.