Фамилия Маркиданова происходит от прозвища Маркидан, которое, в свою очередь, восходит к слову «маркитант». Маркитантами в XVIII—XIX веках называли мелких торговцев, которые сопровождали армию в походах и продавали солдатам продовольствие, табак, одежду и прочие предметы обихода. В русской армии статус маркитантов официально закрепили в 1716 году, а их права и обязанности стали прописывать в специальных уставах. Эта профессия просуществовала вплоть до начала XX века.

Прозвище Маркидан — упрощённая, народная форма слова «маркитант». Такое сокращение типично для живой речи: длинные и сложные слова нередко «обрубали» до более удобного звучания. Поэтому Маркиданов — это потомок человека, который кормился ремеслом армейского торговца.

Родственная фамилия — Маркитанов, она сохранила более близкое к исходнику звучание. Встречаются и другие варианты: Маркидан, Маркитанов, Маркидонов. Все они образованы от одной основы, но разошлись в написании из-за местных говоров или ошибок писцов.

Фамилия Маркиданова — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Маркидановых. Мужской вариант — Маркиданов. По модели образования это типичная русская отпрозвищная фамилия с суффиксом -ов, который означает «чей?» — то есть «сын Маркидана».

Поскольку маркитанты были людьми невоенными, но тесно связанными с армией, предки с такой фамилией скорее всего не служили, а зарабатывали на жизнь торговлей при войсках. В мирное время они могли держать лавку или разъезжать с товаром по ярмаркам.