Фамилия Маркидан — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от тысяч фамилий на -ов и -ин, она не вписывается в стандартную восточнославянскую модель, образованную от крестильного имени или прозвища с помощью патронимического суффикса. Самая вероятная версия — что перед нами фамилия, возникшая из прозвища, которое, в свою очередь, восходит к календарному имени Маркиан (лат. Marcianus — «посвящённый Марсу» или «сын Марка»). В русской народной традиции это имя нередко искажалось: Маркиан превращался в Маркидана, а затем и в фамилию Маркидан. Форма без суффикса — чистая основа имени — встречается в фамилиях, которые закрепились в виде прозвища или усечённого имени, особенно в среде казачества или однодворцев, где фамилии нередко фиксировались в «голом» виде.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с географическим названием. В польской и украинской ономастике есть топонимы вроде Маркиданка или Маркиданы, которые могли дать прозвище выходцу из этих мест. Однако для фамилии, бытующей в русском контексте, имя-основа выглядит убедительнее: перекличка с фамилиями Маркидонов, Маркианцев, Маркианов поддерживает эту гипотезу.

Интересно, что суффикс -ан в основе Маркид- мог возникнуть под влиянием греческого или южнославянского произношения, где -иан переходило в -идан. Такая деталь указывает на возможную связь предков с церковной или книжной средой — имя Маркиан почитается в православии (святой Маркиан Кирский). В любом случае, фамилия Маркидан — это не переосмысленное ремесло или предмет, а личное именование, сократившееся до одного слова. Носителей её немного, и встречается она преимущественно в южнорусских и украинских областях, что подтверждает её «прозвищное» происхождение без дополнительных фамильных суффиксов.