Фамилия Маркиданов — из числа тех, что указывают на род занятий предка. В основе лежит прозвище Маркидан (или Маркитан), которое восходит к слову «маркитант». Так в XVIII–XIX веках называли мелких торговцев, сопровождавших армию: они продавали солдатам продовольствие, табак, одежду и прочую мелочь, необходимую в походе.

С 1716 года, при Петре I, деятельность маркитантов в русской армии начали регулировать уставами. Эта профессия просуществовала вплоть до начала XX века, пока не исчезла с изменением системы снабжения войск. Прозвище Маркидан, таким образом, было профессиональным именованием — в те времена человека часто называли не по имени, а по тому, чем он кормился.

Модель образования фамилии проста: к основе Маркидан добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Получилось буквально «сын Маркидана». Родственный вариант — Маркитанов — отличается лишь огласовкой (а/и), что для разговорной речи и письма той эпохи было обычным делом: звук в безударном положении часто записывали на слух.

Фамилия редкая, в дореволюционных списках почти не встречается. Это объяснимо: маркитанты не составляли многочисленного или оседлого сословия, их дети редко наследовали дело в тех же масштабах. Скорее всего, фамилия закрепилась в одной-двух ветвях, и её носители сегодня — потомки тех самых походных торговцев, которые шли за армией с котомкой или тележкой.