Фамилия Макидонова — женская форма фамилии Макидонов, и её происхождение неожиданно уводит нас в географию Древней Греции, хотя сами носители фамилии — исконно русские. В основе лежит не греческое имя, а прозвище или мирское имя Макидон (или Македон). В старину на Руси так могли назвать человека, побывавшего в дальних странах, либо того, кто выделялся статью, гордой осанкой или крутым нравом — по ассоциации с воинственными македонянами и лично Александром Македонским, чей образ в народной культуре был очень популярен.

Словообразовательная модель здесь редкая и показательная: суффикс -ов- фамилии Макидонов указывает на принадлежность («чей?» — сын Макидона), а окончание -а — на женский род. Сама основа «Макидон» — это русифицированная форма этнонима «македонец». В русских говорах слово «македон» могло закрепиться как прозвище для бродячего торговца или солдата, вернувшегося из походов, — не обязательно реального македонца, а скорее человека, который «навоевался» или любил рассказывать о дальних землях.

В отличие от фамилий на -ский (например, Макидонский), которые чаще встречались у дворян и духовенства и указывали на владение землёй, фамилии на -ов типичны для крестьян и мещан центральной России. Поэтому Макидоновы — это, скорее всего, потомки крепостных или посадских людей, получивших фамилию по имени или прозвищу отца. Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает версию о прозвище, данном «бывалым» человеком: эти регионы были зоной активной торговли и переселений.

Стоит упомянуть и возможную путаницу: в польской и украинской традиции фамилия Макидон может быть фонетическим вариантом от «Макагон» (гончар, изготовитель макитр), но для русской фамилии Макидонова эта версия маловероятна — суффикс -ов и твёрдое окончание однозначно указывают на великорусскую основу. Так что, несмотря на звучное «античное» ядро, фамилия эта — чисто бытовая, крестьянская, и её носительницы — потомки тех, кого в деревне за глаза называли «Макидоном» за стать или за необычную биографию.