Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Макидонский, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). Фамилия Макидонский (фонетический вариант — Македонский), вероятно, восходит к архаичному православному имени Македон, которое этимологически связано с названием древней страны на Балканском полуострове и буквально означает «выходец из Македонии (в переводе «высокая земля», «высокогорный край»)». Вероятно, изначально эта фамилия звучала как Македонский. Позднее, под влиянием говоров, гласный «е» изменился на «и». Таким образом, потомок человека, которого звали Македон, со временем получил фамилию Макидонский.