Фамилия Макидонские — один из тех случаев, где географическое название становится родовым именем. В основе лежит топоним Македония (историческая область на Балканах), но не в прямом, «античном» значении, а через славянское переосмысление. В русской и украинской ономастике фамилии на -ский/-цкий традиционно указывали на связь с местностью: либо человек оттуда родом, либо его предок владел землёй в тех краях. Макидонский — это вариант произношения и написания, закрепившийся в просторечии: «Македония» через «и» (ср. «Макидония» в старых документах) дало форму «Макидонский» вместо книжного «Македонский».

Модель образования — типичная для польской и украинской шляхты, а также для русского духовенства. В Речи Посполитой и на западнорусских землях фамилии на -ский носили дворяне, владевшие поместьями с таким названием. Но для Макидонских более вероятна другая версия: фамилия могла возникнуть в среде православного духовенства или казачества, где «учёные» фамилии давали по библейским и историческим именам. Семинаристы нередко получали фамилию по месту служения или по громкому топониму — «Макидонский» звучало торжественно и намекало на древность рода. Второй вариант: предок происходил из Македонии, но попал в русские земли, и его прозвали «Макидоном», а уже потомки оформили фамилию по отчеству в форме «Макидонские».

Ударение в фамилии плавающее: чаще говорят Макидо́нские, но в некоторых регионах — Макидо́нские (с ударением на второй слог). Встречается она в основном на Украине (особенно в Полтавской и Черниговской областях) и в южных регионах России, что говорит о её происхождении в среде малороссийского казачества или мещанства. Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, известных широкой публике, — это скорее фамилия сельских священников, казаков и крестьян.

Фамилия Макидонские — самобытный памятник славянской культуры. Именования, образованные по той же модели (топоним + -ский), широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения Макидонских можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.