Фамилия Маркедонов звучит как патроним, образованный от имени, но в ней есть одна деталь, которая сразу обращает на себя внимание. В русских фамилиях на -ов основа обычно оканчивается на согласный или на -о: Иванов, Петров, Борисов. Здесь же основа — Маркедон, и это не случайность. Фамилия происходит от редкого канонического имени Маркедон, которое в святцах встречается крайне редко. Это имя — вариант или производное от греческого Маркелл (лат. Marcellus, «посвящённый Марсу»), но с характерным «удлинением» суффикса, как в именах Дорофей — Дорофедон, или просторечных формах вроде Агафон — Агафодон. То есть Маркедон — это народная, «увеличительная» или переоформленная версия церковного имени, которая закрепилась в документах.

По способу образования Маркедонов — типичный русский патроним: «чей сын?» — Маркедонов, то есть сын Маркедона. Суффикс -ов указывает на принадлежность, и фамилия закрепилась в среде, где было принято именоваться по отцу с этим окончанием — в основном в центральных и южнорусских губерниях. Географически фамилия нешироко распространена, встречается в Ростовской области, Краснодарском крае и на юге России, что косвенно указывает на возможное переселение или службу казаков с таким именем.

В ономастических справочниках фамилию Маркедонов нередко путают с Маркедонским, но это разные вещи: вторая — искусственная семинарская фамилия, образованная по латинской модели, а первая — живая, крестьянская или мещанская. Носитель фамилии Маркедонов мог быть потомком крестьянина или однодворца, чьего предка в метрической книге записали редким именем Маркедон. Сейчас фамилия остаётся малочисленной, но узнаваемой именно благодаря нестандартному корню.