Фамилия Македоновы образована от мужского имени Македон. Это имя — архаичная, почти забытая форма православного календарного имени. Этимологически оно связано с древней страной на Балканском полуострове — Македонией. Название страны, по распространённой версии, означает «высокая земля» или «высокогорный край», так что в буквальном смысле имя Македон переводится как «выходец из Македонии». Разумеется, называя так ребёнка, родители не указывали на его географическое происхождение — они следовали святцам, где имя появилось благодаря христианским святым, связанным с этой территорией.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе имени Македон добавили патронимический суффикс -ов. Фамилия Македонов буквально означает «сын Македона» или «потомок Македона». Форма множественного числа — Македоновы — в бытовом употреблении указывает на целый род или семью.

Интересно, что имя Македон встречалось в России гораздо реже, чем, скажем, Александр или Дмитрий, поэтому и фамилия Македоновы не столь распространена. Она представляет собой скорее редкий памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе древнее церковное имя, которое сегодня почти вышло из обихода. О точном месте и времени возникновения этой фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий длился не одно столетие, и документальные свидетельства по таким редким именам часто разрозненны.