Фамилия Македонов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Македонов послужило церковное имя Македон. Фамилия Македонов, вероятно, восходит к архаичному православному имени Македон, которое этимологически связано с названием древней страны на Балканском полуострове и буквально означает «выходец из Македонии (в переводе «высокая земля», «высокогорный край»)». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Македон, со временем получил фамилию Македонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Македонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Македонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.