Фамилия Македонова образована от мужского имени Македон. Это архаичное православное имя, которое сейчас почти не встречается, а в прошлом давали при крещении. Этимологически имя связано с названием древней балканской страны Македония. Само слово «Македония» переводят как «высокая земля» или «высокогорный край», поэтому имя Македон буквально означало «выходец из Македонии». В русской традиции так могли назвать не только человека, реально родом оттуда, но и просто в честь святого с таким именем, почитаемого в православных святцах.

Фамилия построена по самой распространённой в России модели: к основе «Македон» добавили суффикс принадлежности -ов, а затем женское окончание -а. Это значит, что Македонова — потомок человека по имени Македон. Суффикс указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где было принято называть людей по отцу: «Македонова» — это «дочь (или жена) Македона». Первоначально так могли записать жену или вдову, но в итоге фамилия закрепилась за целым родом.

Фамилия довольно редкая. Её носители, скорее всего, происходят из тех регионов, куда в XVI–XVII веках проникали редкие календарные имена. Поскольку имя Македон не было распространённым, фамилия Македонова могла возникнуть в среде духовенства или старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные имена. Встречаются также однокоренные фамилии: Македонов, Македонский, Македонцев. Последняя интересна тем, что образована не от имени, а от прозвища «Македонец», которое могли дать человеку с соответствующей внешностью или биографией.