Основой фамилии Македонова послужило церковное имя Македон. Фамилия Македонова, вероятно, восходит к архаичному православному имени Македон, которое этимологически связано с названием древней страны на Балканском полуострове и буквально означает «выходец из Македонии (в переводе «высокая земля», «высокогорный край»)». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Македон, со временем получил фамилию Македонова.