Фамилия Македонская — женская форма фамилии Македонский, и её происхождение напрямую связано с мужским именем Македон. Это имя сегодня кажется редким и архаичным, но в православных святцах оно закрепилось благодаря раннехристианским мученикам. Этимологически имя Македон восходит к названию древней страны на Балканском полуострове — Македонии. В переводе с греческого это слово означает «высокая земля» или «высокогорный край», то есть буквально Македон — «выходец из Македонии».

Фамилию Македонский (и её женский вариант) образовали по типичной восточнославянской модели — с помощью суффикса -ск-. Такие фамилии чаще всего носили люди, чей предок получил прозвище по географическому признаку или по имени. В данном случае цепочка простая: церковное имя Македон → фамилия Македонский. В украинской ономастике фамилии на -ський (-ский) особенно распространены, и Македонская вписывается именно в этот пласт.

Не стоит путать фамилию с прозвищем «македонец» — она образована именно от имени, а не от прямой этнической характеристики. В святцах имя Македон встречается, например, в житии святого Македона, пустынника сирийского. Поэтому предки носителей фамилии могли получить её при крещении или по имени отца, а не потому, что происходили с Балкан.

Географически фамилия Македонская встречается на Украине и в южных областях России, что подтверждает её украинские корни. Однако окончательно говорить о точном месте и времени возникновения конкретного рода Македонских можно лишь на основании глубоких генеалогических исследований — процесс формирования фамилий был длительным и неоднородным в разных регионах.