Фамилия Македон — из числа тех, что напрямую отсылают к географическому имени. Её основа — старокалендарное православное имя Македон, которое, в свою очередь, происходит от названия древней страны на Балканах. Буквально оно означает «выходец из Македонии», а само слово «Македония», по распространённой версии, переводится с греческого как «высокая земля» или «высокогорный край». Античная Македония известна прежде всего как родина Александра Великого, но для христианской традиции у этого названия иной смысл: именно здесь апостол Павел впервые проповедовал Евангелие в Европе.

Однако называть ребёнка Македоном могли не только в честь святого. В народе имя легко превращалось в прозвище, которое закреплялось за человеком, прибывшим из Македонии — уже не античной, а той, что в составе бывшей Югославии. В пользу этой бытовой, «прозвищной» версии говорит география фамилии. Македоны встречаются в Румынии, Молдавии, Польше, на Украине, в Греции — то есть в областях, где исторически были тесные контакты с южными славянами. Приезжего издалека легко могли прозвать по родной земле, и это прозвище со временем закрепилось за его потомками как фамилия.

Существует и третья, менее вероятная гипотеза — искусственное происхождение в семинарской среде. В духовных училищах иногда давали фамилии, связанные с античной историей, и Македон мог появиться таким же образом, как, скажем, Афинский или Филиппов. Но эта версия слабее: слишком уж органично фамилия вписывается в круг реальных географических прозвищ, а не книжных конструкций.

Как бы то ни было, словообразовательная модель проста: фамилия образована от личного имени или прозвища Македон без дополнительного суффикса, по типу так называемых «простых» фамилий, которые нередки у украинцев, поляков и молдаван.