Фамилия Македонов образована от архаичного православного имени Македон. Это имя напрямую связано с названием древней страны на Балканском полуострове и буквально означает «выходец из Македонии». В переводе с греческого «Македония» — «высокая земля» или «высокогорный край», что отсылает к гористому рельефу той области. Имя Македон давали в честь святого, жившего в первые века христианства, и оно встречалось в святцах, хотя и не было широко распространённым.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Македон- добавился типичный русский патронимический суффикс -ов. Таким образом, Македонов — это буквально «сын Македона» или потомок человека, носившего это имя. С течением времени отчество закрепилось как наследственная фамилия.

Стоит отметить, что фамилия Македонов — не географическая, а именная. Хотя корень отсылает к Македонии, предок носителя фамилии не обязательно был выходцем с Балкан. Имя давали при крещении, и оно не указывало на происхождение, а скорее отражало церковную традицию называть детей в честь малоизвестных, но почитаемых святых.

Фамилия эта довольно редкая. По сравнению с однокоренными Македонский или Македонцев, форма Македонов выглядит как более русифицированный вариант, адаптированный под стандартную модель русских фамилий на -ов. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, где бытовали старые православные имена.