Фамилия Македонец — редкий случай, когда географическое прозвище закрепилось в почти неизменной форме. Её основа — этноним «македонец», то есть житель или уроженец исторической области Македония. В русской среде такое прозвище мог получить человек, пришедший с Балкан, либо тот, кто побывал там в походах или на службе. Связь с античной Македонией и Александром Македонским — скорее книжная ассоциация, чем реальная причина: крестьянину или ремесленнику XVI–XVII веков такое прозвание дали бы по месту жительства или происхождения, а не за военные заслуги древнего царя.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ец указывает на принадлежность к определённой местности или народу (ср. «туляк» — туляк, «грек» — грек, но в русской модели «туляк» не закрепился, а «македонец» остался без типичного русского фамильного суффикса -ов/-ев). Это нетипично: большинство русских фамилий от этнонимов имеют суффикс -ов (Греков, Немцов, Татаринов) или -ин (Литвин, Мордвин — фамилии без суффикса, но в форме существительного). Македонец же сохранил исходное прозвище в чистом виде, без прибавления патронимического суффикса. Такое встречается реже и говорит о том, что фамилия могла закрепиться поздно, уже в XIX веке, когда в некоторых регионах (например, на Украине или в южнорусских губерниях) фиксировали прозвища «как есть», без обязательной русификации.

Региональная привязка фамилии — юг России и Украина. В переписях и ревизских сказках XIX века Макодонцы и Македонцы встречаются в Херсонской, Екатеринославской, Таврической губерниях, а также в сёлах бывшей Слобожанщины. Там, в зоне активных контактов с балканскими переселенцами (сербами, болгарами, греками), прозвище «македонец» могло быть особенно актуальным. Не исключено, что предки носителя фамилии были выходцами из македонских земель, попавшими в Российскую империю во время массовых переселений славян и греков в XVIII–XIX веках. В отличие от фамилий вроде Македонский (с суффиксом -ский, указывающим на польско-шляхетское происхождение), Македонец — фамилия более демократичная, скорее крестьянская или мещанская.

Споров о происхождении здесь почти нет: версия с этнонимом очевидна и подтверждается географией. Альтернативных гипотез (например, от имени Македон или от прозвища за высокий рост или воинственность) в научной литературе не встречается — слишком прозрачна основа.