Фамилия Македоненко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», характерен для Левобережной Украины и был особенно популярен в XVII–XVIII веках. В основе фамилии лежит не имя, а прозвище Македон или Македонец.

Прозвище Македон могло указывать на человека, имевшего отношение к исторической области Македония или к народу македонцев. Однако в условиях Восточной Европы, где прямые контакты с балканскими македонцами были редкостью, такая фамилия почти наверняка была не этнической, а прозвищной. Чаще всего её давали либо человеку с заметной внешностью (например, высокому, статному, «как древний македонец»), либо тому, кто побывал в дальних краях, в том числе на Балканах, или служил в армии и имел отношение к «македонским» походам. Реже — это могло быть семинарское прозвище, данное ученику духовного училища за любовь к античной истории или за успехи в изучении древних языков.

Фамилия Македоненко — типично украинская по форме, и её география бытования преимущественно охватывает центральные и восточные области Украины, а также юг России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые в России часто закреплялись за крестьянами и мещанами, фамилии на -енко в среде запорожского казачества и украинской шляхты были распространены шире, но не указывали на высокое сословие — скорее на принадлежность к определённой родовой группе.

Интересно, что фамилия Македоненко не имеет прямого отношения к русским фамилиям вроде Македонов или Македонский. Последняя — типично семинарская, искусственная, образованная от географического названия. Македоненко же — народная, живая, возникшая в среде, где прозвище легко переходило на потомков через патронимический суффикс. Это фамилия, в которой слышен отголосок личной характеристики предка — его силы, роста, странствий или учёности, а не только формальная привязка к региону.