Фамилия Маркедонский — одна из тех, что кажется экзотической, но на деле имеет прозрачную географическую или церковную основу. Её ядро — имя или прозвище, связанное с исторической областью Македония. В русской традиции это имя звучало как Маркедон или Маркедоний (через «е»), а фамилия на -ский указывает, что её носитель либо происходил из мест с таким названием, либо был связан с духовенством, где семинаристам часто давали «красивые» фамилии по именинам или святым.

Словообразовательная модель проста: к основе Маркедон- (от греческого Μακεδών — «македонец») прибавлен суффикс -ский, типичный для польской и южнорусской традиции. В польском языке фамилии на -ski означали принадлежность к шляхте или к местности (например, Маркедонский — «из Маркедона»). Однако в России такие фамилии часто давали священнослужителям: семинаристы, поступая в училище, получали фамилии по имени святого или по греко-латинским корням. Святой Маркедоний — малоизвестный раннехристианский мученик, и его имя могло стать основой для фамилии выпускника духовной семинарии.

География фамилии сосредоточена в южных и центральных регионах России, особенно в бывших Курской, Воронежской и Харьковской губерниях. Там, в среде однодворцев и духовенства, фамилии на -ский были часты. Встречается также вариант Маркидонский (с «и»), что отражает народное произношение: в говорах «е» переходило в «и» под ударением или в безударной позиции. Этот вариант не ошибка, а диалектная черта.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Маркедонский — редкая форма. Чаще встречаются Македонский, Македонов, Маркедонов. Последний вариант (на -ов) — более «крестьянский», от отчества Маркедон, а форма на -ский — либо дворянская, либо церковная. Поскольку дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, наиболее вероятно, что предки носителя фамилии Маркедонский были либо священниками, получившими её при поступлении в семинарию, либо выходцами из польских земель, где фамилии на -ski были массовыми.

Таким образом, фамилия Маркедонский — не про македонские корни, а про русское духовное сословие или польскую шляхту. Точнее сказать сложно: писцовые книги и метрики сохранили немного примеров, и фамилия осталась локальной.