Фамилия Марковченков — редкий пример тройного суффиксального наращения, что сразу выдает её восточнославянское, скорее всего, белорусское или западнорусское происхождение. Если разобрать её по косточкам, получится цепочка: корень Марк- (от крестильного имени Марк, которое в переводе с латыни значит «молот»), затем суффикс -ов- (указывает на принадлежность), потом уменьшительный -ченк- (характерный для украинской и белорусской модели образования фамилий на -енко, но в иной огласовке) и наконец финальный -ов. Такая конструкция — «двойная фамилия» в миниатюре: основа Марковченко уже сама была фамилией, а потом к ней добавили ещё один патронимический суффикс -ов, чтобы «обрусить» её или подчеркнуть принадлежность к конкретному роду.

По сути, Марковченков означает «потомок того, кто был сыном Маркова». Первая часть — Марков — отчество от имени Марк. Вторая часть — -ченко — типичный украинский и белорусский суффикс, обозначающий «маленький» или «сын». То есть Марковченко — это «сын Маркова», а Марковченков — уже «внук» или «потомок Марковченко». Такое нанизывание суффиксов — признак того, что фамилия формировалась в несколько этапов, возможно, при переезде носителя из украинских или белорусских земель в великорусские губернии, где окончание -ов добавляли для приведения фамилии к привычному образцу.

Географически фамилия тяготеет к Смоленщине, Брянщине и соседним областям Беларуси — именно там встречаются похожие модели вроде Ковальченков, Иванченков. В официальных документах XIX века такие фамилии могли записывать по-разному: Марковченков, Марковченко, а иногда и Марковченко́в с ударением на последний слог. Споров о корне здесь почти нет: имя Марк общеизвестно, но стоит помнить, что в некоторых говорах Марком могли прозвать и человека, родившегося в марте, или того, кто работал молотобойцем (от «молот»). Однако церковное имя остаётся главной версией.

В сословном плане носители фамилии относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — тройной суффикс выдает скорее позднее оформление фамилии, когда основная масса крестьянства получала постоянные фамилии в XIX веке. Сейчас Марковченковы встречаются редко, в основном в России и Беларуси, и фамилия эта — живой след сложных миграций и языковых контактов восточных славян.