Фамилия Марковские — типичный пример фамилии на -ский, которая в польской и западнорусской традиции часто указывала на принадлежность к шляхетскому сословию или на происхождение из определённой местности. В основе лежит крестильное имя Марк. Его латинская этимология спорна: либо от marcus — «молоток», либо, по версии римского историка Плутарха, от имени бога войны Марса. В народной этимологии имя связывали и с месяцем мартом, но это вторичное осмысление.

Модель образования проста: к имени Марк добавили суффикс -ов-, а затем типичный польско-шляхетский суффикс -ский. Получается «Марковский» — потомок или подданный человека по имени Марк. Форма множественного числа (Марковские) в русской традиции закрепилась за целым родом. В Польше и на западе современных Украины и Беларуси такие фамилии часто давали по названию имения или хутора: Марково, Марков. Если предок владел таким хутором, его потомки становились Марковскими.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в России носили преимущественно крестьяне, фамилии на -ский долго сохраняли оттенок дворянского или духовного происхождения. Марковские могли быть как обедневшей шляхтой, так и выходцами из духовенства — семинаристы нередко получали фамилии от имён святых. Встречается фамилия и у русских, и у поляков, и у евреев, что делает её географию широкой, а единого центра происхождения — нет.