Фамилия Маркватова — один из тех редких случаев, когда носитель русского окончания (-ов) скрывает за собой нерусскую, а именно немецкую или западнославянскую основу. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, которые произошли от православных имён или прозвищ, Маркватова почти наверняка ведёт родословную от немецкой фамилии Markwart.

В основе лежит древнегерманское двусоставное имя Markwart. Первая часть «marka» означала «граница», «порубежье», вторая — «wart» (страж, охранитель). Таким образом, исходное значение — «пограничный страж» или «защитник рубежей». В средневековой Германии это имя было распространено среди рыцарства и знати, нёсшей службу на границах земель. В русских документах и быту оно могло трансформироваться в Маркварт или Маркват.

Фамилия Маркватова — это форма женского рода (жена или дочь Маркватова). Мужской вариант — Маркватов. Образование по русской модели (-ов) указывает на то, что носители фамилии уже давно обрусели: окончание прикрепили к иностранному корню, чтобы адаптировать его к местной грамматике. Скорее всего, предок получил эту фамилию в XVIII–XIX веках, когда в Россию активно приглашали немецких колонистов, специалистов и офицеров.

Географически фамилия редкая. Её можно встретить в Поволжье (где были немецкие колонии) и в крупных городах, куда переселялись обрусевшие немцы. Другая, менее вероятная версия, связывает основу со славянским корнем «марк» (от «маркий», «пачкающийся»), но она проигрывает по убедительности: суффикс -ат- нехарактерен для русских прозвищ, а вот немецкое происхождение объясняет и форму, и редкость фамилии.

Таким образом, Маркватова — это фамилия с чёткой профессионально-сословной окраской: предок был человеком служилым, стоявшим на страже границы, и пришёл в русскую среду из немецкоязычного мира.