Фамилия Марохонов — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее разбора корня. Если встретили эту фамилию, скорее всего, её носители родом из казачьих областей Юга России, в первую очередь с Дона или Кубани. В дореволюционных метрических книгах Области Войска Донского Марохоновы встречаются стабильно, но не массово — фамилия осталась в рамках одной локальной группы.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую фамилию, то есть «сын Марохона». Основа Марохон — это либо прозвище, либо, что вероятнее, производная форма от канонического имени. Здесь возможны два пути.

Первый: Марохон — это народная переработка крестильного имени Марк или Маркелл. В южнорусских говорах звук «к» перед гласным мог переходить в «х»: Марк → Марох. Уменьшительный суффикс -он добавляет оттенок просторечной ласки. Второй вариант: основа связана с диалектным глаголом «мароховать» (думать, соображать, иногда — хитрить). В донских говорах это слово фиксировали этнографы XIX века. Тогда Марохон — прозвище человека рассудительного, себе на уме. Оба объяснения имеют право на жизнь, но первое (от имени) встречается в русской ономастике чаще: фамилии на -охонов, -ахонов обычно восходят к уменьшительным формам крестильных имён (сравните Матюхонов от Матюха, Панохонов от Пантелей).

Интересная деталь: написание с одним «о» в корне (Марохонов, а не Марохоннов) указывает, что ударение в исходном прозвище падало на второй слог — Маро́хон. Если бы ударение было на первый, фамилия скорее закрепилась бы как Ма́рохонов.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или казачья. Дворянских родов с такой фамилией нет. В советское время фамилия не получила широкого распространения за пределами традиционных мест бытования, что только подтверждает её локальный характер.