Фамилия Марахонов — хороший пример того, как живая разговорная речь закрепилась в официальном родовом имени. В её основе лежит не церковное имя, а прозвище или местное слово, и чтобы понять её, нужно вслушаться в звучание.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «марать» — пачкать, грязнить. В этом случае Марахон — человек, который пачкается, неряха, или же тот, кто занимается «грязной» работой (например, маляр, трубочист, золотарь). Суффикс «-он» в прозвище Марахон — редкий, он характерен для западнорусских и белорусских говоров, где придаёт слову оттенок действия или свойства (ср. «плясун», «скакун»). Модель образования проста: уличное прозвище Марахон (от «марать») → Марахонов сын → фамилия Марахонов.

Менее распространённая гипотеза выводит основу из тюркских языков. В некоторых тюркских наречиях есть корень «мара» со значением «пятно», «метка», или «марах» — «подарок», «почет». Однако эта версия слабее: фамилия не имеет типичных тюркских суффиксов (-ев/-ов здесь русский), а география её бытования (средняя полоса России, Поволжье) скорее указывает на русскую среду, где прозвище от «марать» было естественным.

Фамилия редкая. Она не встречается в старых боярских списках или дворянских родословных. Скорее всего, предки Марахоновых — крестьяне или посадские люди, получившие фамилию после отмены крепостного права в середине XIX века по прозвищу, которое закрепилось в одном-двух селениях. В некоторых диалектах «марахон» могло означать не просто неряху, а человека, который «марает» (портит) дело — неумеху или лентяя.

Если ваши предки Марахоновы, стоит поискать их в метрических книгах Владимирской, Костромской или Нижегородской губерний — там чаще всего фиксируются фамилии с подобной «производственной» или бытовой основой.