Фамилия Мароховская образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ск-, указывающим на связь с географическим объектом. Это говорит о том, что её основатель получил прозвание по названию места, откуда был родом или где владел землёй. В основе фамилии лежит топоним Марохово или Марохов. Такие названия встречаются в Беларуси и на западе России, в частности, в Витебской и Могилёвской областях. Корень «Мар-» может восходить к личному имени Мар (сокращённая форма от Марк, Мартин или Марий) либо к прозвищу, связанному с диалектным словом «мара» — в некоторых говорах так называли призрак, наваждение или неопрятного человека.

Примечательно, что фамилия имеет форму женского рода, что характерно для случаев, когда речь идёт о замужней женщине или дочери. В исторических документах носительницами такой фамилии могли быть крестьянки или мещанки из западных губерний Российской империи, где ойконимические фамилии на -ский/-ская были особенно распространены. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность конкретному лицу (сын такого-то), модель на -ский подчёркивала территориальную принадлежность: «та, что из Марохова».

В современных справочниках по русской ономастике (например, в работах Б. Унбегауна) фамилии с таким суффиксом относят к «географическим» — они нередко возникали у дворян по названиям имений, но на практике чаще фиксировались у простых людей, чьи предки переселились из одной деревни в другую и сохранили в фамилии память о прежнем месте жительства. Если исходить из этого, предки Мароховской, скорее всего, были либо крестьянами, либо однодворцами из района с топонимом Марохово.

Встречаемость фамилии невысокая, что делает её редкой. В написании возможна путаница с фамилией Мороховская, где корень связан со словом «морох» (туман, сумрак), но версия с «а» более устойчива и указывает именно на географическую основу.