Фамилия Мартынушкина — женская форма, а её мужской вариант, Мартынушкин, образован от имени Мартынушка. Это не что иное, как ласкательная форма крестильного имени Мартын (в церковной традиции — Мартин), которое восходит к латинскому Martinus — «посвящённый Марсу», то есть богу войны. В русском быту имя Мартын было распространено среди крестьян и мещан, и его уменьшительные варианты породили целый ряд фамилий: Мартынов, Мартынкин, Мартышев и, конечно, Мартынушкин.

Суффикс -ушк- в основе здесь не просто уменьшительный, а подчёркнуто ласковый, домашний. Такие формы часто давали детям или младшим членам семьи, и фамилия Мартынушкин закрепилась за потомками человека, которого в кругу близких звали именно Мартынушкой. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли возникать от полного имени отца (Мартынов — сын Мартына), форма на -ин и её производные чаще указывают на прозвище или обиходное имя самого родоначальника.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -ушк- в личных именах был особенно употребителен. Встречается она нечасто — это редкий вариант, который не попал в массовые списки дворянских или купеческих родов. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия сохранилась в деревенской среде, где прозвища и домашние имена легко становились родовыми.

Интересная деталь: в старых документах фамилию могли записывать через «о» — Мартыношкин, что отражает диалектное произношение (аканье или оканье). Однако форма с «у» (Мартынушка) считается более точной, так как она ближе к исходному имени Мартын и суффиксу -ушк-, а не к варианту с -ошк-, который встречается реже и чаще в южнорусских говорах. Таким образом, Мартынушкина — это память о предке, которого в семье ласково называли, и фамилия эта несёт отпечаток простонародного, тёплого обращения.