Фамилия Марубина звучит как типичная «матронимическая» — то есть образованная от женского имени, а не от мужского. В русской ономастике это редкий, но не уникальный случай. Основа здесь — имя Маруба, которое в свою очередь является уменьшительно-ласкательной формой от Мария. Такие семейные прозвания давали, когда женщина после смерти мужа или в силу своего авторитета становилась главой дома, и детей в деревне записывали по матери: «Марубины дети», то есть дети Марубы.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Марубин. В северных и центральных губерниях России эта модель была особенно распространена. Если бы фамилия заканчивалась на -ов, она бы произошла от мужского имени Маруб (гипотетического), но в реальности такого имени в святцах нет. Поэтому версия с женским прозвищем — единственная состоятельная.

Форма Маруба могла возникнуть и как самостоятельное прозвище, не обязательно сокращение от Марии. В некоторых диалектах «маруба» — это ворчунья, брюзга, но такое значение локально и не подкреплено массовой фиксацией. Гораздо вероятнее, что имя принесли на Русь вместе с христианством и адаптировали на крестьянский лад: Марья → Маруня → Маруба.

Географически фамилия Марубина встречается преимущественно в центральных областях России (Тверская, Ярославская, Владимирская), а также на Урале, куда переселенцы уходили в XVII–XVIII веках. Встречаемость невысокая, что как раз характерно для матронимических фамилий — они редко становились массовыми, потому что требовали особых семейных обстоятельств.

В написании фамилии нет спорных моментов: ударение падает на второй слог — Мару́бина. Вариант с ударением на первый слог (Ма́рубина) возможен в говорах, но литературная норма фиксирует именно второй.