Фамилия Марупова — редкий случай, когда основа не бросается в глаза и не поддаётся однозначной трактовке. Сразу видно, что перед нами женская форма фамилии Марупов, образованная по стандартной для русского языка модели притяжательного прилагательного: к основе Маруп- добавили суффикс -ов и окончание -а. Мужской вариант — Марупов.

Главная трудность — в корне. В русском языке нет распространённого слова «маруп» или «марупа». Поэтому логичнее всего искать иноязычное происхождение. Скорее всего, фамилия тюркская или кавказская. У тюркских народов есть имя Маруп — это местный вариант арабского имени Маруф (معروف), что значит «известный», «признанный», «добрый». В таком случае фамилия Марупов означает «потомок Марупа», то есть сын человека по имени Маруп. Такая модель образования фамилий (личное имя + -ов/-ев) типична для татар, башкир, казахов, узбеков и многих народов Северного Кавказа.

Существует и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным словом. В некоторых говорах «марупа» могло быть прозвищем. Например, в тюркских языках есть слово «марупа» в значении «хитрый», «ловкий» или, наоборот, «неповоротливый». Однако в доступных словарях русских народных говоров такое слово не зафиксировано, поэтому эта гипотеза остаётся только предположением.

Географически фамилия Марупова встречается в основном в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, в Оренбургской области, а также среди азербайджанцев и народов Дагестана. В центральной России она редка. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мару́пова.

Что касается социального происхождения, то фамилия не указывает на дворянство или духовенство. Это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от личного имени. Предки носителя фамилии Марупова, вероятно, были простыми людьми, а сама фамилия закрепилась за родом в XIX веке, когда у тюркских народов начали массово фиксировать фамилии по отчеству.