Фамилия Маруненков образована по одной из самых продуктивных моделей русского именослова — с помощью суффикса -ов, который присоединяли к основе, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа — Маруненк-, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Маруненка» или «из семьи Маруненков». Но что стоит за этой основой? Здесь ключ — в уменьшительно-ласкательном суффиксе -енк-, который в украинской и южнорусской традиции часто заменял более привычный для севера -к- (ср. Маруня — Марунька — Маруненко). Таким образом, Маруненков — это русифицированная форма украинской фамилии Маруненко, которую «обрусели» при переезде носителей в великорусские губернии или при записи в документах.

Корень фамилии — имя Маруня, народная форма канонического женского имени Мария. В крестьянской среде Маруней могли называть мать, бабушку или просто женщину, от которой пошло прозвище. Но есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «маруня» означало «копунья», «медлительный человек». Однако для фамилии, скорее всего, первично именно имя, поскольку прозвищ от женских имён у мужчин встречается меньше, а отчества и фамилии на -енко от женских имён — явление известное (например, Марченко от Марья).

Географически фамилия Маруненков тяготеет к югу России: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также к востоку Украины. Это объяснимо: в этих краях фамилии на -енко были массовыми, а при переселении в центральные или северные губернии их часто адаптировали под местный суффикс -ов. Встречается и вариант Маруненко без переделки, но именно форма на -ков выдаёт историю миграции или канцелярского «обрусения».

О сословии носителей сказать сложно: суффикс -енко в XVII–XVIII веках был распространён у казаков и крестьян, реже у мещан. Маруненковы, скорее всего, потомки вольных землепашцев или однодворцев южных окраин России. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет, что подтверждает её простонародное происхождение.

Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков похожих, — двойной суффикс: сначала уменьшительный -енк- (украинский), а потом притяжательный -ов (русский). Такая «гибридная» конструкция встречается реже, чем чистые формы, и прямо указывает на пограничье культур, где украинское прозвище попало в русскую официальную среду.