Фамилия Марюткина образована от имени или прозвища Марютка, и, скорее всего, её основатель был человеком из простого сословия. Само имя Марютка — это уменьшительная, обиходная форма сразу двух разных имён, поэтому у фамилии есть две равноправные версии происхождения.

Первая версия возводит Марютку к мужскому имени Марий (Мар). В переводе с сирийского это имя означает «господин» или «господний». Вторая, не менее распространённая версия, связывает Марютку с женским именем Мария — одним из вариантов библейского имени Марьям. Толкование этого имени спорно: по одной версии, оно переводится с древнееврейского как «отвергнутая, горькая», по другой — «печальная, мятежная». Имя Мария — одно из самых частотных в христианском мире, поскольку принадлежало матери Иисуса Христа, что и обеспечило его популярность в самых разных слоях общества.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Марюткин — это «сын Марютки» или «человек из семьи Марютки». Такая модель чаще встречалась в северных и центральных русских говорах, где имена с уменьшительным суффиксом -к- были особенно употребительны в крестьянской среде.

Интересно, что сама форма Марютка — двойственная: она могла быть и мужским, и женским прозвищем. Если в основе лежало женское имя Мария, то фамилия Марюткин, вопреки кажущейся логике, могла закрепиться за потомком женщины — например, вдовы или матери, чьё имя было более значимо для окружения, чем имя отца. Если же в основе лежало мужское имя Марий, которое на Руси встречалось редко и почти исключительно в церковной среде, то фамилия могла указывать на происхождение от человека, носившего редкое календарное имя.

В любом случае, фамилия Марюткина — яркий пример того, как церковное имя, пройдя через народную переделку, превратилось в устойчивое родовое прозвание. Потомок человека по имени Марютка со временем получил фамилию Марюткин, и она закрепилась за его семьёй.