Фамилия Марзаганов ведет начало от личного имени Марзаган — одного из вариантов тюркского имени Мирзагани. Это составное имя восходит к двум основам: Мирза (или Мурза) и Гани. Мирза в переводе означает «сын эмира», «белая кость», то есть представитель знатного рода. Гани переводится как «очень богатый, состоятельный». Имя Мирзагани, таким образом, соединяло в себе пожелания знатности и богатства.

Подобные «обрядовые имена» — явление, распространенное у многих народов Кавказа. Родители, давая ребенку такое имя, словно заранее желали ему определенных благ: здоровья, храбрости, удачи, а в случае с Марзаганом — высокого положения и достатка. С течением времени имя Марзаган закрепилось в роду, и потомки человека с таким именем стали носить фамилию Марзагановы.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Марзаган добавили русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Марзаганов сын). Такая модель типична для фамилий, которые складывались у народов Северного Кавказа под влиянием русской административной традиции в XIX–XX веках. Встречается фамилия преимущественно в Ингушетии, Чечне и среди ингушской и чеченской диаспор, что подтверждает ее кавказские корни.