Фамилия Марзагановых — характерный след кавказской ономастики, образованный по модели, где родовое имя закреплялось через суффикс -ов. В её основе лежит мужское имя Марзаган, которое исследователи связывают с тюркским именем Мирзагани. Это составное имя распадается на два корня: Мирза (или Мурза) и Гани. «Мирза» в переводе означает «сын эмира», «белая кость», то есть представитель знатного рода. «Гани» переводится как «очень богатый, состоятельный». Складываясь вместе, имя Мирзагани (в местном произношении — Марзаган) несло пожелание ребёнку одновременно знатного происхождения и материального достатка.

Такие «обрядовые имена» были широко распространены у народов Кавказа: родители закладывали в имя программу будущих благ — здоровья, храбрости, удачи или, как в этом случае, богатства и высокого положения. Фамилия Марзаганов, таким образом, буквально означает «потомок Марзагана». Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, что типично для русскоязычного оформления кавказских фамилий при фиксации в документах.

Говорить о точном времени возникновения фамилии сложно: процесс перехода личного имени в родовое прозвание мог быть длительным и не всегда привязан к одной местности. Окончательные выводы требуют серьёзных генеалогических изысканий в конкретных аулах или селениях. Однако сама структура фамилии — редкое составное имя плюс стандартный суффикс — выдаёт в ней памятник кавказской культуры, где через имя ребёнку желали того, что ценилось выше всего: знатности и состоятельности.