Фамилия Марзаганова — один из примеров того, как тюркские и кавказские именные традиции соединились в русской фамильной модели. В её основе лежит мужское имя Марзаган, которое восходит к тюркскому имени Мирзагани. Это имя составное, образовано от двух основ: «Мирза» (или «Мурза») и «Гани». «Мирза» в переводе означает «сын эмира», «белая кость», то есть представитель знатного, привилегированного рода. «Гани» переводится как «очень богатый, состоятельный». Таким образом, имя Мирзагани в целом можно осмыслить как «знатный и богатый».

У народов Кавказа и тюркских групп были распространены так называемые «обрядовые имена» — имена-пожелания, которые несли в себе значение блага: здоровья, храбрости, удачи или богатства. Имя Марзагани — как раз из этого ряда. Называя сына таким именем, родители желали ему знатного положения и материального достатка.

Сама фамилия Марзаганова образована по стандартной русской модели: к основе имени Марзаган добавился патронимический суффикс -ов (в женском роде — -а). Такое оформление характерно для фамилий, которые появились у народов, вошедших в состав Российской империи, и были записаны по русским административным правилам. Интересно, что в тюркских языках имя могло звучать как Марзагани, но при переходе в русскую фамилию конечный гласный отпал, и основа стала звучать как Марзаган.

Фамилия Марзаганова — довольно редкая. Она встречается преимущественно в регионах с тюркским или кавказским населением, а также у потомков выходцев с Кавказа, живущих в центральной России. Сравните с однокоренными фамилиями: Марзаганов, Марзаганович, а также с более распространёнными Мирзаянов или Мурзагалиев — все они восходят к тому же корню «мирза/мурза», но с разными вторыми компонентами.