Фамилия Маржакупов — яркий пример фамилии, образованной по арабо-тюркской модели. Её основа — составное личное имя Маржанкул (или Маржанкули), где первая часть «маржан» восходит к арабскому слову «марджан» — коралл, жемчуг. Вторая часть «кул» в переводе с тюркского означает «раб, слуга», но в именах сложился устойчивый смысл «слуга Божий», «раб Всевышнего». Таким образом, имя Маржанкул можно понять как «жемчужина Бога» или «драгоценный слуга».

Фамильный суффикс -ов присоединился к основе Маржакуп, где конечное «и» имени Маржанкули редуцировалось, а «у» перешло в «у» под влиянием русского произношения. Встречаются варианты Маржакулов и Маржанкулов, но форма на -ов — самая частая для фамилий из Средней Азии и Казахстана. Появление суффикса -ов в XIX — начале XX века означало, что носитель фамилии переходил в русское подданство или фиксировался в метриках, где требовалась «русификация» окончания.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана (Кызылординская, Туркестанская области) и к Узбекистану, где распространены имена с компонентом «кул». Встречается и у татар, хотя реже: у казанских татар имя Маржан бытовало как женское, а мужское имя Маржанкул — скорее у ногайцев или каракалпаков.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, — крестьяне или ремесленники. Фамилии на -ов из арабо-тюркских имён в Российской империи получали в основном простые люди, а не знать (у последних были иные модели — с суффиксами -ский или -оглы). Никаких сведений о дворянском происхождении Маржакуповых нет, и это нормально: фамилия рассказывает не о титуле, а о вере и красоте имени, которое дали предку.