Фамилия Мержакупов — редкая, но прозрачная по своему строению. Её основа — тюркское мужское имя Мержакуп, которое является фонетическим вариантом имени Маржакуп или Маржанкул. В свою очередь, это сложносоставное имя восходит к арабскому «маржан» (مرجان) — коралл, драгоценный камень, и тюркскому «кул» или «гул» — раб, слуга (в переносном смысле — «раб Божий»). Таким образом, имя Мержакуп означает «коралловый раб», то есть «слуга, ценный как коралл» или «тот, кто служит (Богу) подобно драгоценности». Встречаются и написания Мержанкупов — с сохранением исходного «ан» вместо «а».

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Мержакуп добавили патронимический суффикс -ов, который в данной среде заменил собой тюркский формант -улы/-оглы («сын такого-то»). Фамилия означает «сын Мержакупа». Судя по компоненту «кул», имя давалось в среде, испытавшей влияние ислама, но с сильным тюркским субстратом.

Географически фамилия привязана к регионам расселения татар и башкир, а также к южноуральским областям России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании исходного имени. В отличие от массовых фамилий на -ов от популярных имён (Ахметов, Ибрагимов), Мержакупов — штучный след конкретного прозвища или личного имени, которое не вышло за пределы одной родовой ветви.

Социальный контекст: предки носителя фамилии — скорее всего, служилые татары или башкиры, либо крестьяне-тептяри. В документах XVIII–XIX веков подобные фамилии фиксировались среди государственных и удельных крестьян, реже — среди купцов. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено.

Единственный нюанс, который стоит оговорить: в некоторых говорах «мержа» могло означать «мерзлота» или «стужа», но это случайное созвучие. Фонетика и состав имени однозначно указывают на арабо-тюркский корень, а не на славянский.