Фамилия Машакин образована от прозвища или нецерковного имени Машака. Основа здесь — «машак» или «машака», слово с неоднозначной этимологией. В русских говорах «машаком» могли называть человека небольшого роста, коренастого, плотного — то есть прозвище давалось по внешнему признаку. В ряде диалектов «машака» — это также мешок или котомка, так что прозвище могло закрепиться за носильщиком, торговцем или просто за тем, кто постоянно носил с собой большую сумку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Машакин буквально означает «сын Машаки» или «человек из рода Машаки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Если бы основа звучала как Машак (без конечного гласного), фамилия выглядела бы как Машаков, но в данном случае закрепилась именно форма Машакин.

Встречается и версия, что Машака — это уменьшительная форма от имени Матвей (через народные варианты Матюша, Маша). Однако это менее вероятно: переход от Матюши к Машаке неочевиден, и основная масса носителей фамилии, судя по архивным записям XIX века, сосредоточена в центральных и южных губерниях России — Тамбовской, Рязанской, Воронежской, где «машак» как прозвище фиксируется в документах именно в значении «коротышка» или «увалень».

Редкость фамилии в том, что она почти не встречается за пределами России и не имеет однозначных «двойников» среди других славянских фамилий. Это указывает на локальное происхождение: предки Машакиных, скорее всего, были крестьянами или мещанами из чернозёмных регионов, а фамилия закрепилась в одном-двух уездах и оттуда распространилась с переселенцами.