Фамилия Маскулюнас — почти наверняка литовская, и её разумнее всего разбирать в контексте литовской антропонимии, а не русской, хотя в России и Беларуси она тоже встречается. Ключ к пониманию — суффикс -унас (-ūnas). В литовском языке это типичный патронимический суффикс, указывающий на происхождение от отца или старшего родственника. Он соответствует русским -ов/-ев или -ин, но работает иначе: Маскулюнас буквально значит «сын Маскулиса» или «потомок Маскулиса».

Основа фамилии — Маскулис (Maskulis). Это, скорее всего, прозвище или производное от личного имени. Самая прямая версия: литовское слово maskulė означает «пестрый бык» или «пятнистая корова», а maskulis — уменьшительная форма. Предок мог получить такое прозвище за внешность (рябой, веснушчатый), за скотный двор (держал пеструю скотину) или за характер — в говорах так могли называть упрямого, своенравного человека. Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с польским maszkara (маска, ряженый) или с литовским maskuoti (маскировать, прятать), но для прозвища это слишком книжно.

Географически фамилия Маскулюнас тяготеет к северо-востоку Литвы и к исторической Жемайтии, а также к приграничным районам Латвии и Беларуси, где была заметна литовская диаспора. В польских метриках XIX века её могли записывать как Maskulunas или Maskulewicz — последнее уже с польским суффиксом -ewicz. В русских документах фамилия часто искажалась: вместо мягкого литовского ūnas писали «унас» или даже «унасъ», а букву s могли заменять на з.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, крестьянский или однодворческий. Литовские фамилии на -унас в основном закрепились за простым сословием к XVII–XVIII векам, когда шло массовое закрепление прозвищ. Дворянские ветви прибавляли к таким фамилиям польские окончания -ский или -ич, но Маскулюнас остался в народной форме.

В современной Литве фамилия редкая, но не уникальная: по данным регистров, её носят несколько сотен человек. В России она встречается эпизодически — в основном у потомков литовцев, переселившихся в Сибирь и на Дальний Восток в ходе столыпинской реформы и депортаций 1940-х годов.