Фамилия Масюнин образована от имени или прозвища, связанного с уменьшительной формой канонического имени Матвей. В основе лежит народная форма Масюня, где корень «Мас-» восходит к сокращению от Матвей (из греческого Матфей — «дар Яхве»), а суффикс «-юн» придаёт оттенок ласкательности или принадлежности. Суффикс «-ин» в финале указывает на принадлежность: «чей?» — Масюнин, то есть сын или потомок Масюни.

Интересная деталь: в отличие от более распространённых фамилий на «-ов» (Масюков, Масюткин), модель с суффиксом «-ин» в данном случае типична для имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Масюня — не просто уменьшительное, а скорее бытовое, обиходное имя, которое в крестьянской среде XIX века могло закрепиться за человеком в качестве уличного прозвища. Такие формы часто встречались в северных и центральных губерниях России, где «-ин» был основным патронимическим суффиксом.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «масюня» — так в некоторых говорах называли медлительного, вялого человека (от «маслить» в значении «медлить»). Однако в пользу «Матвеевской» гипотезы говорит то, что имя Матвей было одним из самых распространённых в русской деревне, а производные от него — Масюта, Масютка, Масюня — фиксируются в исторических документах XVII–XVIII веков. Например, в переписных книгах Новгородской земли встречаются крестьяне с прозвищем Масюня, что указывает на давнюю традицию бытования этой формы.

Сословно фамилия Масюнин почти наверняка крестьянского происхождения. Дворянские роды с таким окончанием редки и обычно имеют другую этимологию (например, от тюркских корней). В современных справочниках фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её связь с переселенческими потоками из центральной России.

Таким образом, Масюнин — типичная русская фамилия, возникшая как отчество от ласкательной формы имени Матвей. Её носители — потомки тех, кого в быту звали Масюней, и чья родословная уходит корнями в крестьянский быт дореформенной России.