Мужское крестильное имя Мануил в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В основу же фамилии легла производная форма имени – Манюня. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Манюнин лежит уменьшительно-ласкательная форма женского крестильного имени Мария (древнееврейское, «любимая, желанная, госпожа») – Манюня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манюня, со временем получил фамилию Манюнин.