Фамилия Манюнин — один из тех случаев, когда за одной буквой может скрываться разное происхождение. Чаще всего её возводят к мужскому крестильному имени Мануил (с древнееврейского — «с нами Бог»). От полной формы имени в русском быту образовалась уменьшительная Манюня, от которой через суффикс -ин и пошла фамилия. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на древнюю северорусскую или северо-западную модель образования: так называемые «полные» фамилии на -ин в Новгородских и Псковских землях появлялись раньше, чем московские на -ов.

Но есть и вторая, не менее правдоподобная версия. Манюней в народе могли ласково называть и Марию (древнееврейское «любимая, желанная, госпожа»). В этом случае фамилия Манюнин означает «потомок Марии» или «сын Манюни». Такая двойственность — не редкость для русских фамилий, образованных от уменьшительных форм: внешне одинаковое прозвище могло относиться и к мужчине, и к женщине.

Словообразовательная модель прозрачна: основа Манюн- плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «чей?» — Манюнин. Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и северных регионах России, но не относится к числу широко распространённых. Встречаются и варианты написания с одной «н» — Манюнин, что типично для фамилий этого типа. В ономастических словарях фамилия не получила подробного разбора, что делает её интересным объектом для краеведческого поиска: в конкретной местности можно выяснить, какое имя — Мануил или Мария — дало начало фамильному гнезду.