Фамилия Манюнина образована от имени или прозвища Манюня, а вот от какого именно полного имени — тут возможны два варианта, и оба одинаково вероятны.

Первый и основной путь: Манюня — это просторечная, уменьшительно-ласкательная форма мужского крестильного имени Мануил. Имя древнееврейского происхождения, означает «с нами Бог». В народном быту Мануил превращался в Манюню, а от этой формы с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин и возникла фамилия. Суффикс -ин указывает на то, что Манюнины — потомки человека по имени Манюня.

Вторая версия: Манюня могла быть ласковым производным от женского имени Мария (с древнееврейского — «любимая, желанная, госпожа»). В таком случае фамилия Манюнина изначально относилась к женщине, но потом закрепилась за её детьми или внуками, как это нередко бывает с «женскими» основами в русских фамилиях.

Какой бы вариант ни был верным для конкретной семьи, обе версии указывают на то, что фамилия происходит из народной, разговорной среды, где полные церковные имена сокращали до коротких и привычных домашних форм. Фамилия эта довольно редкая: в отличие от массовых Ивановых или Петровых, Манюнины встречаются локально, что делает её ценной для семейной истории.