Фамилия Манюнечка — редчайший случай в русской ономастике. Она образована не от крестильного имени, не от профессии и не от географического названия, а от уменьшительно-ласкательной формы женского имени Мария. В основе лежит просторечное «Манюня», «Манюнечка» — так в быту называли девочек и девушек по имени Мария, особенно на юге России и Украине.

Главная особенность этой фамилии — суффикс «-ечк-», который в русских фамилиях почти не встречается. Обычно фамилии на «-ечк-» (вроде Копеечкин) единичны. Здесь же суффикс не перешёл в стандартную модель «-ин» или «-ов», а остался в неизменном виде, что делает Манюнечку фактически застывшей в документах ласкательной формой. Это значит, что фамилию могли дать ребёнку по домашнему прозвищу матери или бабушки: «Чей ты? — Манюнечкин», и постепенно прозвище закрепилось как фамильное.

Скорее всего, Манюнечка — фамилия поздняя, возникшая не раньше середины XIX века, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии по прозвищам, а не по имени отца. По сословной принадлежности почти наверняка это бывшая крестьянская фамилия из регионов, где были распространены «малороссийские» говоры: Черниговская, Полтавская, Харьковская губернии или прилегающие к ним южнорусские области. В официальных ревизских сказках такую фамилию могли записать с искажением — например, как Манюнечкин или Манюнечков, но в быту сохранилась исходная форма.

В словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов) Манюнечка не упоминается — это уникальный случай, не попавший в стандартные классификации. Поиск по архивам показывает, что носители фамилии встречаются единично, в основном в Белгородской и Воронежской областях. Если вы носите эту фамилию, то, вероятно, ваши предки были крестьянами из чернозёмной полосы, и фамилия передаёт не имя родоначальника, а прозвище, данное с нежностью.