Фамилия Манюнин — это типичная русская фамилия, образованная от личного имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ин. Он указывает на принадлежность («чей?») и буквально значит «сын Манюни» или «потомок Манюни». В этом смысле фамилия ничем не отличается от тысяч других русских фамилий, но её основа даёт простор для размышлений.

Главная загадка — кто такой Манюня? Есть две основные версии, и обе одинаково правдоподобны. Первая связывает основу с церковным мужским именем Мануил (древнееврейское «с нами Бог»). В русской бытовой традиции длинные имена часто сокращали, и Мануил мог превратиться в Манюню — так же, как Даниил становился Даней, а Павел — Пашей. Вторая версия отталкивается от женского имени Мария (древнееврейское «любимая, желанная, госпожа»). Уменьшительно-ласкательная форма Манюня для Марии встречается в народной речи наравне с Маняшей, Марусей или Мусей.

Какая из версий вернее? Если исходить из статистики, фамилии, образованные от женских имён, встречаются реже, чем от мужских. Поэтому чуть более вероятно, что в основе лежит мужское имя Мануил. Однако полностью исключать Марию нельзя: если в роду была женщина, которая играла ключевую роль (например, мать-одиночка или властная помещица), фамилию могли дать и по её имени. В любом случае, Манюня — это ласковая, домашняя форма, которая говорит о том, что предок носителя фамилии был дорогим или младшим членом семьи.

О точном месте возникновения фамилии судить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся с XV по XVII век, а крестьянские фамилии массово закреплялись и вовсе после отмены крепостного права в 1861 году. Можно предположить, что Манюнины происходят из регионов, где были распространены диалектные формы имён на -юня: южные и центральные области России, а также Украина. Сама фамилия — живой след той эпохи, когда человеку было достаточно одного прозвища, чтобы его дети навсегда получили родовое имя.