Фамилия Манюнин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Манюнин послужило церковное имя Мануил. Мужское крестильное имя Мануил в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». В основу же фамилии легла производная форма имени – Манюня. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Манюнин лежит уменьшительно-ласкательная форма женского крестильного имени Мария (древнееврейское, «любимая, желанная, госпожа») – Манюня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манюня, со временем получил фамилию Манюнин. О точном месте и времени возникновения фамилии Манюнин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Манюнин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.