Фамилия Матаркина — женская форма фамилии Матаркин, а та, скорее всего, образована от прозвища или мирского имени Матарка. Самый вероятный корень здесь — диалектный глагол «матарыжить», который в рязанских, тамбовских и воронежских говорах означал «беспокоить, донимать, мучить». Соответственно, Матаркой могли прозвать человека въедливого, приставучего или того, кто постоянно суетился и надоедал окружающим. В этом случае фамилия — характеристика поведения, а не рода занятий.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Матаркин буквально значит «сын Матарки» или «человек из семьи Матарки». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, и встречается в центральных и южнорусских регионах.

Есть и другая, менее очевидная версия — связь с татарским словом «матур» (красивый, статный). В Поволжье, где русские и татары веками жили рядом, тюркские корни нередко попадали в прозвища. Матаркой могли назвать видного, пригожего человека, а фамилия закрепилась уже после крещения. Эта гипотеза правдоподобна, но уступает первой по распространённости: в документах XVII–XVIII веков фамилии от «матарыжить» встречаются чаще, чем от «матур».

Географически фамилия Матаркины тяготеет к югу России — к Тамбовской, Воронежской, Ростовской областям. В XIX веке её носители были в основном крестьянами и однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVIII века, но как прозвище могла возникнуть и раньше: в писцовых книгах рязанского края встречаются люди с именем Матарка, что говорит о давней традиции.

В современном русском языке фамилия редкая. Её уникальность — в сохранении почти забытого диалектного слова, которое уже вышло из обихода, но осталось в фамильном имени.