Фамилия Матджанова — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа явно восточная, а русский суффикс -ов/-ева указывает на то, что фамилию адаптировали в русской среде по стандартной модели: к мужскому имени или прозвищу добавили окончание, означающее «чей?» — то есть «сын такого-то» или «принадлежащий ему».

Корень «Матджан» восходит к тюркско-персидскому антропониму. Первая часть «Мат» — это, скорее всего, сокращение от арабского имени Мухаммад (в тюркской огласовке — Мамет, Мамат). Вторая часть «джан» — персидское слово, означающее «душа», «жизнь», «дорогой». В составе личных имён «джан» выступает как ласкательный или уважительный компонент: «Матджан» можно перевести как «Мухаммад-душа» или «дорогой, как душа». Такие двухосновные имена типичны для народов Средней Азии, Кавказа и Поволжья — особенно у татар, узбеков, азербайджанцев.

Фамилия Матджанова — женская форма; мужской вариант — Матджанов. Судя по модели, носитель фамилии — потомок человека, которого звали Матджан. Это могло быть как полное имя, так и домашнее, уменьшительное прозвище. В некоторых тюркских языках «мат» могло означать «твёрдый», «крепкий», что тоже даёт смысловую версию: «крепкая душа».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где ислам и тюркские языки соседствуют с русским делопроизводством: Татарстан, Башкортостан, Узбекистан, Казахстан. В России она встречается редко, чаще в форме Матджанов. Сословная принадлежность предков могла быть разной — от крестьян до купцов, но точных данных нет.

Отдельного внимания заслуживает суффикс -ов, а не -ин или -ский. В русских фамилиях от имён на -а обычно берут суффикс -ин (Петров — от Пётр, но Ильин — от Илья). Здесь же — -ов, что говорит о том, что имя Матджан воспринималось как основа на твёрдый согласный (как Иван → Иванов). Это подтверждает, что фамилия сложилась в русской канцелярской среде, где восточное имя просто подогнали под привычную схему, не вникая в его грамматический род.